徳島市街地の西に位置する佐古駅は、国道192号沿いにあり、周辺は商業施設も豊富な大変便利なJR高徳線の駅です。

駅全体がブルーが基調となっており、コンコースなどの天井・防音壁等にも、青色が使われています。
また、駅舎の北半分がガラス張りになっているなど、小さい駅ですがかなり近代的なデザインになっています。
1階のコンコースから2階のホームまでエレベーターで上ることもできます。

島式ホーム1面2線を持つ高架駅で、ホームの両側は珍しい防音壁で囲まれています。
列車の接近時に2階のホームで自動アナウンスの接近放送が流れますが、ホームが1番のりば、2番のりば共に線路側に傾いているので小さい方やお年寄りの方に対して注意する表記があります。
2番のりばに停車・通過する列車が頭上をかすめるので、警笛が鳴らされることもあります。