徳島市市街地の西に位置する佐古駅は、国道192号沿いにあり、周辺は商業施設も豊富な大変便利なJR高徳線の駅です。

駅の周辺は住宅や個人商店も多くあり、閑静な雰囲気が魅力的なエリアです。
徳島駅の隣の駅なので電車で徳島市街へ出やすく、また、国道192号も駅付近を通っていますので、車でも徳島へアクセスしやすいのは嬉しいポイントです。

島式ホーム1面2線を持つ高架駅で、ホームの両側は珍しい「防音壁」で囲まれています。

列車の接近時に2階のホームで自動アナウンスの接近放送が流れますが、ホームが1番のりば、2番のりば共に線路側に傾いているので小さい方やお年寄りの方に対して注意する表記があります。2番のりばに停車・通過する列車が頭上をかすめるので、警笛が鳴らされることもあります。

駅全体がブルーの基調となっていて、コンコースなどの天井・防音壁等にも、青色が使われています。
また、駅舎の北半分がガラス張りになっているなど、小さい駅ですがかなり近代的な構造になっています。
1階のコンコースから2階のホームまでエレベーターで上ることもできます。